Alcatrazes é formado por cinco ilhas maiores, sendo a principal denominada Ilha de Alcatrazes (2,5km de extensão e 170 hectares de área) e as demais conhecidas como da Sapata, do Paredão, do Porto (ou do Farol) e do Sul.

​

O refúgio é composto pelas ilhas do arquipélago dos Alcatrazes, além de relevante parte de oceano Atlântico, o que totaliza uma área superior a 67 mil hectares. Elas formam, assim, a maior unidade de conservação marinha de proteção integral das regiões Sul e Sudeste do Brasil. Alcatrazes se eleva quase 300 metros acima do nível do mar.

​

Além de exuberante beleza e expressiva biodiversidade, o arquipélago dos Alcatrazes faz parte do patrimônio arqueológico, histórico e cultural da região, e foi citado nos relatos históricos logo após a colonização do Brasil. No local, foram encontradas cerâmicas que indicam o uso da ilha pelos povos que viviam na região antes do descobrimento do Brasil.

​

O paredão granítico de 316 metros de altura no meio do oceano impressiona os navegantes por sua beleza e suas águas com boa visibilidade, e a grande quantidade de vida marinha faz um convite ao mergulho contemplativo.

​

Agora aberto para visitação, o arquipélago não deixará de ser preservado, pois o plano de manejo de Alcatrazes cria regras de funcionamento para garantir que as atividades ocorram com o mínimo de impacto aos ambientes naturais.